Um mehr Kontinuität in die Arbeit der EU zu bringen, wird die Europäische Union künftig einen ständigen Ratspräsidenten haben. Er soll zweieinhalb Jahre den Europäischen Rat leiten. Damit wird ab 2009 die bisher alle sechs Monate rotierende Präsidentschaft abgeschafft.
Die EU bekommt einen "Hohen Repräsentanten der Union für Außen- und Sicherheitspolitik". Er darf mit Rücksicht auf Großbritannien zwar nicht "Außenminister" heißen, erhält aber einen diplomatischen Dienst.
Die EU-Kommission wird verkleinert. Von 2014 an sind in Brüssel nicht mehr alle, sondern abwechselnd nur noch zwei Drittel der Mitgliedstaaten mit einem Kommissar vertreten. Konkret bedeutet das, dass die Zahl der Kommissionsmitglieder von derzeit 27 auf 15 reduziert wird. Die Mitgliedstaaten benennen dann einen Kommissar im Rotationsprinzip. Den nationalen Parlamenten wird künftig ein größeres Mitspracherecht gegenüber der Kommission eingeräumt. Sie können innerhalb von acht Wochen gegen beabsichtigte Rechtsakte der EU Einspruch erheben, falls sie meinen, dass diese nationale Zuständigkeit verletzen ("Gelbe Karte"). Die Kommission muss dann den Entwurf rechtfertigen.
Das EU-Parlament wird von 2009 an nur noch 751 statt bisher 785 Sitze umfassen. Außerdem bekommt das EU-Parlament mehr Kompetenzen: Es entscheidet künftig gleichberechtigt mit dem Ministerrat über den EU-Haushalt. Auch in der Justizzusammenarbeit, der inneren Sicherheit und der illegalen Einwanderung soll das EU-Parlament in Zukunft mehr zu sagen haben.
Der Kompetenzkatalog wird klarer als bisher definiert. Dabei bekommt die EU aber weitere, weitreichende Zuständigkeiten: So erhält sie erstmals eine allumfassende Kompetenz zur Ausgestaltung des europäischen Binnenmarkts. Die Zusammenarbeit in Sachen Justiz und Inneres, die bisher in der sogenannten Dritten Säule der EU - und damit außerhalb des streng verbindlichen Gemeinschaftsrechts - geregelt war, wird nun komplett dem Gemeinschaftsrecht zugeschlagen; bisher konnte die EU auf diesen Gebieten nur Rahmenbeschlüsse fällen, die im Prinzip folgenlos blieben, wenn ein Mitgliedstaat sie nicht umsetzte. Per Verordnung darf die EU künftig eine Europäische Staatsanwaltschaft gründen, die zunächst aber nur für Straftaten gegen die finanziellen Interessen der EU zuständig sein soll.
EU-Beschlüsse werden erleichtert, indem in vielen Fällen der Zwang zur Einstimmigkeit entfällt. Die Entscheidungen mit qualifizierter Mehrheit werden auf mehrere Dutzend neue Bereiche ausgedehnt. Dies gilt vor allem bei der polizeilichen und Justizzusammenarbeit. In sensiblen Gebieten wie der Außen-, Steuer- und Sozialpolitik gilt weiter das Prinzip der Einstimmigkeit.
Bei Mehrheitsentscheidungen im EU-Ministerrat gilt künftig das Prinzip der doppelten Mehrheit. Damit kommt ein Beschluss zustande, wenn 55 Prozent der Mitgliedsländer und 65 Prozent der EU-Bevölkerung zustimmen. Aufgrund des polnischen Widerstandes wird diese doppelte Mehrheit erst ab 2014 in Kraft treten. In Streitfällen können sich Staaten außerdem noch bis 2017 auf die Stimmenverteilung des Nizza-Vertrages berufen und über die sogenannte Joanina-Klausel den Aufschub einer Entscheidung fordern.
Klauseln, die es der EU ermöglichen, sich ohne weitere Vertragsänderungen zusätzliche Befugnisse zu erschließen oder Verfahrensabläufe zu vereinfachen, werden teils neu eingeführt, teils ausgeweitet. Die "Flexibilitätsklausel", nach der die EU auch dort ergänzend tätig werden darf, wo sie eigentlich keine Befugnisse hat, ist künftig in allen Politikbereichen anwendbar und nicht mehr nur beim Binnenmarkt. Eine "Passerelle-" oder "Brückenklausel" soll es ermöglichen, bei Entscheidungen, bei denen laut Vertrag eine einstimmige Entscheidung erforderlich wäre, auch Mehrheitsentscheidungen zu treffen; einen entsprechenden Beschluss kann der Europäische Rat, das Gremium der Staats- und Regierungschefs, treffen. Eine weitere Klausel erlaubt es dem Europäischen Rat, die Befugnisse einer künftigen Europäischen Staatsanwaltschaft jederzeit auf die Bekämpfung grenzüberschreitender Kriminalität zu erweitern.
Mit einer Million Unterschriften können Bürgerinitiativen künftig die EU-Kommission auffordern, Gesetzesvorschläge zu machen. Der Reformvertrag macht zudem die europäische Grundrechte-Charta rechtsverbindlich. Die Charta hält in 54 Artikeln europäische Bürgerrechte fest, etwa das auf eine gute Verwaltung; die Grundrechte-Charta ist allerdings nicht völlig deckungsgleich mit dem deutschen Verfassungsrecht. Anders als nach dem Grundgesetz sind die Grundrechte auch nicht individuell einklagbar.
Der Vorrang des EU-Rechts vor dem Recht der Mitgliedstaaten, also auch deren Verfassungen, wird in einer "Erklärung" zum Vertrag erstmals ausdrücklich festgeschrieben. Dies entspricht zwar der bisherigen Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs; das Bundesverfassungsgericht behält sich aber bislang das Recht vor, zu prüfen, ob sich europäische Rechtsakte außerhalb der EU-Kompetenzen bewegen und ob auf europäischer Ebene der deutsche Grundrechte-Standard gewahrt ist.
Beitrittswillige Staaten müssen sich zu den Werten der EU bekennen. Erstmals geregelt wird auch die Möglichkeit, die EU freiwillig wieder zu verlassen. Ausgetretene EU-Mitglieder sollen aber die Chance haben, erneut einen Beitrittsantrag zu stellen.
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