Der Nato-Bericht (auch Isaf-Bericht genannt) stützt sich auf Recherchen von Experten einer Nato-Untersuchungskommission. Nach dem Bericht habe Oberst Klein am 4. September gezielt Taliban-Kämpfer töten wollen, die in der Nähe der Tanklastwagen standen. Die Piloten seien dazu angewiesen worden. Der Bericht zweifelt allerdings deutlich an der Angemessenheit des Einsatzes: "Es ist schwer zu ergründen, warum der Fokus des PRT-Kommandeurs (Klein) auf die Taliban gerichtet war und nicht allein auf die gestohlenen Tanklaster, die doch wohl die größte Bedrohung waren für die Sicherheit der PRT-Kräfte." Am 6. November spricht Guttenberg noch von der potentiellen Gefahr, die von den Tanklastern ausgeht. In einem Interview mit der "Bild"-Zeitung am 30.November sagt er: "Eine erste Sichtung der Berichte zeigt, dass sich insbesondere folgende Fragen stellen: Hätte es zum Luftschlag gegen die Tanklaster kommen müssen?" Zu diesem Zeitpunkt liegt ihm der Bericht fast schon vier Wochen vor. Er hätte also schon wissen müssen, dass der Luftschlag gegen Menschen gerichtet war. Beim Angriff kamen bis zu 140 Menschen ums Leben. Zwar hat Verteidigungsminister Guttenberg den Angriff mittlerweile als "militärisch nicht angemessen" bezeichnet, dennoch steht er bislang noch hinter Oberst Klein.

Klein schickt nach Informationen des SPIEGEL am 5. September einen zweiseitigen Bericht an Generalinspekteur Schneiderhan. Darin schreibt Klein: "Am 4. September um 1.51 Uhr entschloss ich mich, zwei am Abend des 3. September entführte Tanklastwagen sowie an den Fahrzeugen befindliche INS (Insurgents, zu Deutsch: Aufständische) durch den Einsatz von Luftstreitkräften zu vernichten." Er habe das Bombardement befohlen, "um Gefahren für meine Soldaten frühzeitig abzuwenden und andererseits mit höchster Wahrscheinlichkeit nur Feinde des Wiederaufbaus zu treffen". Zuvor sei Klein in den Befehlsstand der Task Force 47 gegangen und habe aus Luftbildern der Piloten geschlossen, dass die Anwesenheit von Unbeteiligten sehr unwahrscheinlich sei. Nach diesem Bericht bewertet Guttenberg die Situation am 3. Dezember neu, spricht erstmals von der Unangemessenheit.

Die mangelnde Aufklärung nach dem Einsatz steht bereits im Feldjägerbericht vom 9. September. Aus dem Bericht geht hervor, dass Oberst Klein innerhalb der vorgeschriebenen zwei Stunden keine Maßnahmen zur Aufklärung vorgenommen habe. Dies schreiben allerdings neue Vorschriften der Isaf seit Anfang Juli vor. Der Bericht stammt vom 9. September, Guttenberg erfährt davon aber erst am 25. November, auf Nachfrage der "Bild"-Zeitung.

Am 6. November erhält Guttenberg einen Bericht des Internationalen Roten Kreuzes. Nach Informationen des "Stern" stehen auf den Seiten die Namen von 74 getöteten Zivilisten. Unter den Opfern seien auch acht-, zehn- und zwölfjährige Kinder. Weiter heißt es, dass der Angriff nicht im Einklang mit dem Völkerrecht stehe. Nach Angaben des Berichts habe keine unmittelbare Bedrohung für das deutsche Feldlager bei Kunduz bestanden.

Das 27-seitige Schreiben trifft bereits am 7. September beim Einsatzführungsstab in Berlin ein. Er wurde kurz zuvor verfasst. Auf der ersten Seite steht: "Mit sehr großer Wahrscheinlichkeit hat es zivile Opfer gegeben." Der Bericht schildert bereits das Bombardement und Fehler vor dem Befehl. Außerdem schildert er detaillierte Einschätzungen über Opfer. Am 8. September sagt Kanzlerin Angela Merkel in ihrer Regierungserklärung: "Über die Folgen, insbesondere über zivile Opfer, gibt es widersprüchliche Meldungen."

20.00 Uhr Ein afghanischer Informant meldet dem Bundeswehr-Camp in Kunduz die Entführung zweiter Tanklaster aus einem Nato-Versorgungskonvoi bei Aliabad südlich vom Feldlager der Bundeswehr.

21.14 Uhr Uhr Auf Anforderung des deutschen Camps trifft ein B1-Bomber (Einsatzname "Bone 22") über der Region Kunduz ein, der zuvor eine andere Operation mit deutscher Beteiligung im Norden der Region unterstützt hat.

22.00 Uhr Der Informant der Bundeswehr meldet sich erneut und gibt an, die beiden Tanklaster steckten auf einer Sandbank fest.

22.30 Uhr Der B1-Bomber kann die beiden Laster nicht finden. Im Nachhinein stellt sich heraus, dass der afghanische Informant eine unklare Angabe des Orts durchgegeben hatte.

0.00 Uhr "Bone 22" lokalisiert die beiden Trucks auf einer Sandbank und sendet die ersten Schwarzweiß-Videobilder an die Kommandozentrale im deutschen Camp. Dort sitzen der Chef des Lagers, Oberst Georg Klein, und Oberfeldwebel W., der im Funkverkehr mit dem Einsatznamen "Roter Baron" auftritt. Die beiden Deutschen hocken vor einem "Rover"-Sichtgerät, einer Art Laptop mit Verbindung zur Kamera des Flugzeugs und verfolgen die Bilder.

0.48 Uhr "Bone 22" meldet sich bei der Einsatzzentrale (Funkcode "Trinity") der Nato-Flotte. Der Bomber braucht neuen Treibstoff. Die Zentrale gibt Erlaubnis für die Rückkehr zur Basis ("RTB").

0.50 Uhr Aus dem deutschen Camp fragt "Roter Baron" erneut bei der Nato-Luftzentrale nach Luftunterstützung an. Von dort wird zurückgefunkt, dass eine direkte Feindberührung Voraussetzung für den Einsatz eines Kampfflugzeugs über Kunduz sei. Der deutsche Oberfeldwebel erklärt daraufhin per Funk, es bestehe Feindkontakt, im Nato-Jargon "troops in contact" oder TIC genannt, obwohl sich gar keine Nato-Soldaten oder afghanische Kräfte in der Nähe der beiden Tanker befinden.

1.08 Uhr Zwei F-15-Jagdbomber treffen über der Region ein. "Dude 15" und "Dude 16", so die Codenamen der Piloten, melden sich beim Kommandeur des deutschen Camps und liefern wieder Live-Bilder, welche die Deutschen auf dem "Rover"-Schirm verfolgen können. Einer der Piloten meldet: keine "friendly forces", also deutsche oder afghanische Truppen in der Nähe der Trucks. Nahe den Tankern sieht der Pilot rund 50 Aufständische, so seine Meldung. Der deutsche Oberfeldwebel bittet die US-Piloten, sechs Bomben fertigzumachen und in möglichst hoher Höhe über dem Tatort zu kreisen.

1.30 Uhr "Roter Baron" gibt Einsatzdetails zum Bombenabwurf weiter, erwähnt ausdrücklich, dass die Zeit dränge und keine alliierten Kräfte in der Nähe seien.

1.33 Uhr Einer der F-15-Piloten bittet das deutsche Feldlager um weitere Aufklärung des Tatorts. "Red Baron" hingegen gibt an die Piloten den eindeutigen Befehl des deutschen Oberst Georg Klein zum Abwurf von Bomben weiter. Sie sollen direkt auf die Sandbank gezielt werden.

1.36 Uhr Der Pilot fragt per Funk an, ob er eine Schleife in niedriger Höhe über die Tanker fliegen soll, um "die Personen auseinanderzuscheuchen". "Roter Baron" lehnt dies ab.

1.46 Uhr Der Pilot fragt per Funk, ob die Personen um die Tanker eine "unmittelbare Bedrohung" darstellen. Der Zustand des "imminent threat" ist die Voraussetzung für einen Bombenabwurf durch die Nato. Obwohl zu diesem Zeitpunkt weder Nato-Soldaten in der Nähe der Tanker sind und diese fast 15 Kilometer vom deutschen Camp entfernt feststecken, bestätigt "Roter Baron" die Anfrage und legitimiert damit den Angriff.

1.50 Uhr Zwei Bomben vom Typ GBU-38 werden abgeworfen.

2.28 Uhr Die beiden F-15-Jets fliegen erneut über den Tatort und melden 56 Tote, ohne jedoch weitere Details zu nennen. 14 Personen würden in Richtung Norden fliehen.

Im Morgengrauen treffen afghanische Sicherheitskräfte am Tatort ein. Leichen sind kaum noch zu finden, da die Dorfbewohner sie bereits abtransportiert und begraben haben.

7.00 Uhr Eine deutsche Drohne überfliegt das Gebiet. Außer den beiden Bombenkratern ist jedoch auf den Bildern nicht viel zu sehen.

12.00 Uhr Ein deutsches Erkundungsteam trifft am Tatort ein, auch die afghanische Armee ist noch vor Ort. Leichen sind kaum noch zu sehen. Der Trupp notiert in seinem Bericht die beiden zerstörten Tanklaster, einen Traktor und ein Pick-Up-Fahrzeug. Einem anderen Trupp wird berichtet, die Taliban hätten am Vorabend in einem nahen Dorf die Moschee betreten und Dorfbewohner gezwungen, mit ihren Traktoren beim Abtransport des Treibstoffs aus den feststeckenden Lastern zu helfen. 14 Dorfbewohner seien vermisst, also vermutlich bei den Angriffen getötet worden, so der Bericht der Deutschen - das erste sichere Indiz für zivile Opfer. Weitere Hinweise erhält ein Team, dass im Krankenhaus von Kunduz mehrere verletzte Kinder sieht und auch zwei Leichen von getöteten Teenagern gezeigt bekommt.