Antigenshift bezeichnet den Austausch genetischer Informationen zwischen verschiedenen Virusarten oder -subtypen. Dazu müssen die Viren ein segmentiertes Genom besitzen, damit einzelne Segmente zwischen den Viren innerhalb der gleichen Zelle während der Vermehrung vertauscht werden können; der genetische Vorgang selbst wird Reassortment bzw. Reassortierung genannt.

Der Ausdruck Antigenshift ist besonders von Influenzaviren bekannt, da ein Antigenshift zum Auftreten neuer pathogener Varianten führt und für den Ausbruch weltweiter Pandemien verantwortlich ist. Im Gegensatz zur Antigendrift wird hier eben ein ganzes Gensegment ausgetauscht. Dadurch entstehen neue Subtypen mit neuen Kombinationen von Oberflächenantigenen (zum Beispiel Hämagglutinin und Neuraminidase bei Influenza A/H5N1). Bedingung für eine Antigenshift ist die gleichzeitige Infektion einer Wirtszelle (zum Beispiel im gemeinsamen Wirt Schwein oder Ente) durch unterschiedliche Virusstämme. Man vermutet, dass dem Antigenshift ein gezielter viraler Mechanismus zugrunde liegt, der Antigenshift also nicht zufällig passiert.