Als Referenzlaboratorien werden Laboratorien bezeichnet, die von der Europäischen Kommission ("Gemeinschaftliche Referenzlaboratorien") oder von einer nationalen Regierung ("Nationale Referenzlaboratorien") auf der Grundlage gemeinschaftlicher oder nationaler Rechtsvorschriften ernannt wurden. Diese Laboratorien verfügen über eine besonders hohe Qualifikation auf einem bestimmten Fachgebiet und zeichnen sich neben ihrer Fachkompetenz durch ein hohes Maß an Unabhängigkeit aus und können auch länderübergreifend tätig sein. Mit der Einrichtung nationaler Referenzlaboratorien sollte die Basis für europaweit harmonisierte Maßnahmen im Bereich der Labordiagnostik geschaffen werden.
Epidemiologisch ausgerichtete Laboratorien sammeln zum Beispiel Daten über das Vorkommen von Zoonoseerregern bei Tieren, in der Umwelt und in Lebensmitteln sowie über Erkrankungsfälle beim Menschen. Sie werten diese Daten aus und berichten über aktuelle Entwicklungen.
Stärker einzelfallbezogene Laboratorien analysieren Proben und entwickeln und standardisieren Untersuchungsmethoden. Sie führen ferner u.a. Vergleichsuntersuchungen zwischen unterschiedlichen Labors durch, um ein einheitliches Niveau der Analysenqualität sicherzustellen.
Referenzlaboratorien werden auch als Obergutachterstelle und als Schiedsorgan in strittigen Fällen in Anspruch genommen.
In Deutschland werden seit 1995 Nationale Referenzzentren (NRZ) ausgewiesen, die wichtige Infektionserreger überwachen. Die Berufung erfolgt durch das Bundesministerium für Gesundheit für einen Zeitraum von drei Jahren. An der Entscheidung über die zu berufenden Referenzzentren sind Vertreter des Robert-Koch-Instituts, der Kommission Infektionsepidemiologie und medizinischer Fachgesellschaften beteiligt.
Nationale Referenzlaboratorien in Deutschland aus dem Bereich Lebensmittelsicherheit und Lebensmittelhygiene und die Obergutachterstelle Wein mit vergleichbaren Aufgaben sind angesiedelt beim Bundesinstitut für Risikobewertung.
Nationale Referenzlaboratorien in Deutschland für anzeigepflichtige Tierseuchen, für meldepflichtige Tierkrankheiten und für sonstige Tierkrankheiten, die weder der Anzeigepflicht noch der Meldepflicht unterliegen, sind beim Friedrich-Loeffler-Institut angesiedelt.
In der Schweiz befindet sich das nationale Referenzlabor im Institut für Viruskrankheiten und Immunprophylaxe (IVI) in Mittelhäusern.
Durch häufige Erwähnung in den Medien ist im Jahr 2005 in Zusammenhang mit der Vogelgrippe Influenza A/H5N1 das EU-Referenzlabor der Veterinary Laboratories Agency in Weybridge in besonderem Maße bekannt geworden. Sein Name lautet in offizieller deutscher Übersetzung "Gemeinschaftliches Referenzlaboratorium für die Geflügelpest". Es hat u.a. folgende Befugnisse und Aufgaben:
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