Der Anbau von Gentech-Pflanzen beschränkt sich in Deutschland zur Zeit auf die Kartoffelsorte "Amflora" des Chemiekonzerns BASF. Das für die Produktion von industriell verwendeter Kartoffelstärke optimierte Nachtschattengewächs wächst in Mecklenburg-Vorpommern auf einem 15-Hektar-Feld. Daneben finden auch 2010 zahlreiche experimentelle Freisetzungen statt: Auf insgesamt 13 Hektar gedeihen gentechnisch veränderte Zuckerrüben, Mais- und Weizenpflanzen, die von Firmen und Universitäten im Freiland getestet werden, aber nicht kommerziell genutzt werden dürfen. Im Jahr 2008 wurde in Deutschland auf rund 3200 Hektar gentechnisch veränderter Mais des US-Saatgutkonzerns Monsanto angebaut (MON810) - 99 Prozent davon in Ostdeutschland. Der Gentech-Anteil an der gesamten Maisanbaufläche lag bei nur 0,15 Prozent. Seit April 2009 ist der MON810-Anbau in Deutschland verboten. Der umstrittene Gen-Mais soll besser vor dem Schädling Maiszünsler geschützt sein.
Über die Zulassung gentechnisch veränderter Pflanzen entscheidet zunächst die EU-Kommission. Die endgültige Freigabe in Deutschland liegt beim Bundesministerium für Verbraucherschutz. Sind die Erbgutveränderungen in der neuen Pflanze genetisch stabil und besitzen Vorteile gegenüber bestehenden Sorten, kann das Saatgut zur kommerziellen Nutzung freigegeben werden. Obwohl kleinere Mengen genmanipulierter Pflanzen seit 1998 probeweise angebaut wurden, hat das Bundessortenamt erst 2005 mehrere Variationen der Maissorte MON 810 für den unbegrenzten Anbau zugelassen. Für die Gen-Kartoffel "Amflora" ist dagegen keine Zulassung der deutschen Behörden notwendig, weil sie nur von Vertragspartnern des Konzerns angebaut und nicht auf dem freien Markt gehandelt werden soll.
Nach monatelangem Streit hat sich die große Koalition im Juli auf neue Regeln zum Anbau von genetische veränderten Organismen (GVO) verständigt. Der Mindestabstand zwischen normalen Feldern und solchen mit genetisch verändertem Saatgut soll auf 150 Meter, beim Öko-Anbau auf 300 Meter festgelegt werden. Zudem sollen die Kriterien zur Kennzeichnung von Lebensmitteln ohne Gentechnik gelockert werden, der genaue Schwellenwert genetischer Verunreinigung ist aber noch strittig. Das Standortregister mit genauen Ortsinformationen über Anbauflächen von Genpflanzen soll entgegen früherer Planung nicht eingeschränkt werden. Auch die Haftung bei genetischer Verunreinigung benachbarter Anbauflächen soll unverändert bleiben: Wer Genpflanzen sät, muss im Schadensfall unabhängig vom Verschulden haften, wenn kein Verursacher gefunden wird. Die Haftung greift jedoch erst bei einem Anteil genveränderter Stoffe von mehr als 0,9 Prozent.
Kritiker der Gesetzreform bemängeln, dass die Abstandsregelungen zwischen normalen und gentechnisch veränderten Anbauflächen im Einvernehmen zwischen Bauern außer Kraft gesetzt werden können. Selbst Erntemaschinen und Verarbeitungsanlagen könnten demnach gemeinsam benutzt werden, wenn beide Nachbarn einverstanden sind. Zudem halten Umweltverbände und Teile der Opposition die Abstände von 150 bzw. 300 Meter für zu gering, um eine Weiterverbreitung der Genpflanzen zu verhindern. Sollte der kontrollierte Anbau des manipulierten Saatguts scheitern, sah das bisherige Gesetz außerdem einen Stopp der kommerziellen Nutzung vor. Diese Regelung ist in dem neuen Gesetzentwurf nicht mehr enthalten.
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